武汉工商学院实验教学中心属校一级管理，实行中心主任负责制。中心主任全面负责中心的实验教学、建设和管理；同时设两位中心副主任和一位主任助理协助主任工作，分别负责中心的实验室项目建设和日常教学管理。另有六位分中心主任负责各分中心的实验教学、实验室建设和管理工作。

实验教学中心打破了传统的教学实验室分属于各系（部）管理的单一、分散的实验室管理模式，将教学实验室从各系（部）分离出来，由实验教学中心统一建设、统一管理、合理布局。彻底改变了传统管理模式带来的实验教学经费投入分散以致经费短缺，实验教学软、硬件重复建设而实验室及仪器设备使用率低下等弊端。实现了教学经费的集中有效使用，实验人员与物质资源的优化配置，各实验室工作任务饱满，仪器设备均能高效使用，为实验教学顺利进行提供了充分保障。

中心管理实行“四个统一”：一是统一规划实验室建设并组织落实，加强管理；二是在教务部制订的各专业课程教学计划和教学大纲的框架内，统一规划并安排各门实验课程的教学，并接受院教学指导委员会和院教学质量监评中心的指导和监督；三是统一调配和管理使用实验教学资源；四是统一编制实验室建设和运行经费预算计划和经费使用管理。在集中统一管理的同时充分发挥六个分中心在实验教学和管理工作中的重要作用。

中心按课程设立课程组，每个课程组设有责任教师，分别由教学经验丰富、讲师以上的教师担任，负责各实验课程的改革和建设；实验中心教师与兼职教师一起负责所承担课程的教学与改革；实验技术人员负责所在实验室的教学辅助工作，协助分中心主任完成实验室的建设与管理。